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ジュダ・ビショップは、軍のフェラル支部に入隊したばかりの若きラッコ。戦闘、戦略、危険に満ちた未知の世界へと、いきなり身を投じることになる。I.C.O.に倒されないためにも、彼は仲間たちと協力し、立ちはだかるあらゆる脅威に立ち向かわなければならない。
遠い未来、世界は正体不明の存在――I.C.O.に侵略されていた。文明は地表をほぼ捨て去り、「クレーター」と呼ばれる構造物の中に身を隠している。両者が激しい膠着状態に陥るなか、クレーターはI.C.O.の脅威に立ち向かうための兵器を生み出した。それが「フェラル」だ。
若きラッコのジュダ・ビショップは、軍のフェラル部隊に入隊したばかり。戦闘、戦略、そして危険に満ちた未知の世界へと足を踏み入れることになる。I.C.O.の犠牲とならないために、彼は仲間たちと力を合わせ、次々と立ちはだかる脅威に立ち向かわなければならない。
『I.C.O.』は、『新世紀エヴァンゲリオン』『進撃の巨人』『天元突破グレンラガン』などのアニメから大きな影響を受けており、そのデザインや物語にもその影響が色濃く表れている。それでも『I.C.O.』ならではの個性を確立し、ケモノ系ビジュアルノベルのジャンルに新鮮な風を吹き込む作品になればと願っている。